吸送式氣力輸送系統也存在一些缺點和限制。單位能耗比機械式輸送高，其能耗系數通常0.021-0.038范圍。其次，真空度與輸送距離有一定限制。輸送距離越長，系統所需真空度越高。隨著真空度增高，氣體密度逐漸減小，氣體輸送物料的能力也將減弱。因此，實用真空度通常不宜高于6，否則，輸送能力顯著降低，且管道也容易發生堵塞。

此外，輸送物料的塊度不能過大，粘性不能太高，通常塊度尺寸應小于1/2管徑。吸送式氣力輸送系統雖存在上述單位能耗高的缺點，但由于其他費用低，因而其總成本通常低于其他輸送方式。

總操作成本是機械輸送系統經濟性的集中體現，采用何種裝卸系統方式，應通過全面經濟技術論證和成本比較后客觀地決定。據分析，氣力卸船系統用于輸送貴重物料時，其裝卸成本低于使用其他系統機械。

用于港口卸船時，還具有以下獨特優點：

①能徹底清艙。

②不受潮汐及水位變化的影響。

③由于吸料管可接上撓性管，即使遇到風浪發生船舶搖擺時，也不會碰壞艙底板和吸料管，這個優點對于內河小型木駁船尤為突出。

④吸料過程艙內不會揚起灰塵，可大大改善工作環境。

⑤物料在出艙輸送過程處于密封狀態，無撒落物料或混入雜物被污染之憂慮。

⑥能均勻卸載，可防止船舶受浮力不勻的影響。

輸料管內能保持清潔，容易實現一機多用，即輸送一種物料之后，接著用以輸送其他物料。